早在此前的1949年4月，高雄市的“台工委”就开始遭到破坏。先是4月31日，“台工委高雄工委会”书记陈泽民、委员朱子慧被捕。“台工委”书记蔡孝乾意识到形势严峻。他急忙找到中共特派员朱枫（即朱谌之）商议，尽快想法让身份暴露的同志内渡。10月5日至7日，高雄市工委会所属的工、农、学运各支部人员谢添火、蔡国智、梁清泉等三十多人先后被捕。同年12月，“台工委”的张志忠、李法夫妇及谢富被捕并判死刑。次年1月，蔡孝乾也被捕入狱，涉嫌此案者多遭受枪杀。
蔡孝乾被捕后最终叛变投敌，这位参加过长征、久经考验的老战士，竟然煎熬不住，投向国民党。“台工委”诸多分部被一一破获，四百多名地下党人被其供出、抓捕。
国民党对吴石的怀疑，开始于蔡孝乾首次被捕时的笔记本上的“吴次长”字样，国民党情治人员立即扑向时任“国防部中将参谋次长”的吴石的住宅，并从其房间搜出签发给中共女特工朱枫前往舟山的《特别通行证》。吴石被捕，时间是1950年3月1日。
其实，吴石是中共打入国民党内部的最高情报官“密使一号”，之前已将大批绝密军事情报通过朱枫由香港传到大陆。毛泽东知晓后大加赞赏，表示要给他们记上一功，并当即赋诗一首：“惊涛拍孤岛，碧波映天晓。虎穴藏忠魂，曙光迎来早。”
“吴石案”牵涉的人员大都被投入了监狱，受该案牵连而被捕的人有：吴石的妻子王璧奎、中共联络人朱枫、老部下聂曦、前“联勤总部”第四兵站中将总监陈宝仓、中校参谋方克华、参谋江爱训及吴石的副官王正均等。1950年6月10日，吴石、陈宝仓、聂曦、朱枫四人被“特别军事法庭”判处死刑，当天下午被押赴台北马场町刑场，从容就义。
国民党情治机关曾多次在台大医院抓人。1950年5月13日，台大医院第三内科主任许强医师、眼科主任胡鑫麟医师、皮肤科医师胡宝珍和耳鼻喉科医师苏友鹏，同时被捕。1950年9月，军法处裁定许强与郭琹琮、吴思汉、王耀勋等十名同案“共同意图破坏国体以非法之方法颠覆政府而着手实行，各处死刑并褫夺公权终身”。另外，谢桂林医师等四人也以其他罪名被处死刑。这是“台大医院案”。
1950年5月，台南县麻石镇“镇长”谢端仁等三十三名地方人士被国民党当局以“共同意图颠覆政府”罪逮捕。最终全体被一一判刑，其中三人被判死刑，九人被判决无期。此为“麻豆事件”。
1950年6月，台北电信局桃园收报台林清良等七名职员，因“共党嫌疑”被国民党当局逮捕。其中林清良等三人因传阅中共文件书籍，被以“意图颠覆政府”等罪名判处死刑。此为“桃园事件”。
还有发生于1950年3月的震惊全岛的“两大企业案”。据新华出版社1997年版《蒋介石与台湾》一书披露：台湾当局深恐官营企业高级职员受到主管负责人已投奔大陆的影响，特向最大的糖、电企业开刀，杀鸡给猴看。台糖公司的总经理沈镇南及助手林良桐被枪毙，部下多人被判刑。沈的罪状是故意不出售糖，“保留物资让共党接收”。台电公司总经理刘晋钰及职员严惠先也均遭杀害。刘晋珏的罪状是其子在台大因参加“左倾”团体被逮捕；严惠先在大陆失守后滞留一个时期才来台，有通共嫌疑。
受到牵连的人不计其数。据资料披露，抗战时期“抗日义勇队”队长，当时的国民党台湾省党部副主委李友邦，也因其妻子的牵连被枪杀；诺贝尔奖得主李政道的母亲张明璋和兄弟李崇道，因在家里留宿一位旧时广西大学同窗，竟然也被语误以“掩护匪谍”罪投进监狱。
1950年代，全岛人人自危，生怕被扣上一顶可怕的红帽子。台北街头、火车站等公共场所，处处可见台湾当局用红墨水写的枪毙死刑者名单的布告；电影院每次放映电影的开始字幕就是“通匪者杀”；国民党《中央日报》上“匪谍×××数犯被枪决伏法”等标题，一星期要出现好几次。市民听惯了警笛、战斗的枪声以及耳闻目睹的死讯。数以千计的共产党人被枪杀，那些因言获罪，因党派暗斗或被无辜罗织罪名的人，要么被禁监、流放，要么被枪杀，具体数字无法计算。
秦风在《岁月台湾》一书曾披露这样一个插曲。那些被禁监流放者大部分集中在距台东十八海里的绿岛上。高峰时期，这里的囚徒共有三个大队一千七百多人，其中包括著名作家柏杨。每个大队辖四个中队，一个中队又辖二个分队，此外还有一女生分队。他们天天被重复“洗脑”，过着没有自由、随时有生命危险的囚徒生活。
诞生于1954年夏天的《绿岛小夜曲》，当年唱遍了包括绿岛监狱在内的台湾每个角落，这首歌曲调优美，人人会唱。虽然它只是一首抒情歌曲，与政治犯的思绪情怀无关，但由犯人唱来，却别有一番滋味。
