江河水系　1.主要江河。全省主要江河111个省控断面中，有64.8%的断面水质优良，61.3%的断面达到功能区划水质要求。其中，34.2%的断面水质优，为Ⅱ类水质；30.6%水质良好，为Ⅲ类水质；12.6%受轻度污染，为Ⅳ类水质；8.1%受中度污染，为Ⅴ类水质；14.4%水质劣于Ⅴ类，受重度污染。西江、北江、东江、潭江、韩江、漠阳江、袂花江干流和珠江三角洲的主要干流水道水质良好；龙岗河、坪山河、佛山水道、平洲水道、市桥水道、深圳河、练江、小东江茂名段、小东江湛江段和九洲江（桂粤交界段）共10个江段水质受到重度污染，受重度污染江段主要为珠江三角洲城市江段和部分水量较小的支流，主要污染指标为粪大肠菌群、氨氮、耗氧有机物和总磷。2.跨市河流。全省28个跨市河流交界断面水质达标的有18个，占64.3%.西江干流水道的下东、顺德水道的乌洲、平洲水道的平洲、鉴江的江口门、龙岗河的西湖村、坪山河的上垟、观澜河的企坪、小东江的石碧、练江的青洋山桥和枫江的深坑共10个断面水质超标，主要超标项目为粪大肠菌群、氨氮、总磷和耗氧有机物。

　　湖泊水库　3个省控湖泊中，湖光岩湖为Ⅱ类水质，水质优；星湖为Ⅲ类水质，水质良好；西湖为Ⅳ类水质，受轻度污染，但仍达到功能区划水质要求。8个省控大型水库中，新丰江和枫树坝水库为Ⅰ类水质，流溪河、白盘珠和飞来峡水库水质为Ⅱ类水质，水质均为优；杨寮和高州水库为Ⅲ类水质，水质良好；鹤地水库为Ⅳ类水质，受总氮的轻度污染。

　　入海河口　12条主要入海河流中，河口水质58.3%为Ⅱ～Ⅲ类，水质优良；25.0%为Ⅳ类，受轻度污染；16.7%劣于Ⅴ类，受重度污染。漠阳江和磨刀门水道河口水质最好，均为Ⅱ类水质，深圳河口、练江河口水质较差，均劣于Ⅴ类。入海河口主要污染指标为粪大肠菌群和耗氧有机物等，九洲江河口因高锰酸盐指数浓度升高，水质由Ⅲ类下降为Ⅳ类，水质变差。

　　近岸海域　67个近岸海域功能区水质达标率为95.5%，除深圳市外，其余12个沿海城市近岸海域功能区均完全达标。受污染的近岸海域功能区主要位于珠江口和深圳湾海域，主要污染指标为无机氮、活性磷酸盐和大肠菌群。