清世祖顺治九年(公元1652年)，西藏政治和宗教领袖达赖五世阿旺罗桑嘉措应清世祖的邀请，亲率三千多人来北京朝觐。为了接待这位喇嘛教领袖人物，清政府修建了西黄寺，初名为达赖庙。
　　1652年12月16日，清世祖在南苑隆重接见了达赖五世，接受达赖五世进贡的马匹和珍宝。第二天，达赖五世坐着清世祖特赐的金顶黄轿，奉旨移居西黄寺。从此，西黄寺成为达赖五世在北京的驻锡之地，达赖五世多次在此讲经布道，举行法会。1653年2月，达赖五世辞归西藏，顺治皇帝正式册封达赖喇嘛五世阿旺罗桑嘉措为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”。从此，“达赖喇嘛”称号正式法定下来。以后历世达赖喇嘛传世，必经中央政府册封，成为定制。
　　乾隆四十五年(公元1780年)，西黄寺又成为六世班掸的安禅说法之所。班禅额尔德尼巴丹益喜(公元1783－1780年)于1779年5月，自西藏日喀则扎什伦布寺起程，随行上千人，自青海、蒙医察到河北承德避暑山庄。乾隆皇帝为迎接班禅，在避暑山庄修建了班禅行宫须弥福寿之庙。1780年7月22日，班禅六世到避暑山庄依清旷殿晋见乾隆皇帝，献上金佛像、法器等，祝贺乾隆皇帝七十寿诞，气氛友好热烈。次日，乾隆亲临须弥福寿之庙看望六世班禅，并在这里听班禅讲经。至今寺内还珍藏“乾隆听班禅六世讲经图”。农历九月二日，班禅六世抵京，驻锡在西黄寺。班禅六世在此讲经弘法，王公大臣纷纷前来朝参，善男信女川流不息，前往西黄寺顶礼膜拜。12月2日，六世班禅因病在西黄寺圆寂，震惊朗野。乾隆皇帝辍朝一天，命北京所有佛寺诵经49天，为班禅超度。清政府用赤金铸六世班禅像一尊，供于西黄寺大殿，另用赤金七各两营造一座金塔，将六世班禅肉身移至塔内。1781年春，清政府派理藩院尚书博清额护送六世班禅的骨身舍利金宝运回日喀则的扎什伦布寺。
　　乾隆四十七年(1782年)，乾隆为了纪念六世班禅，在西黄寺里建造了六世班禅衣冠塔，称清净化域之塔。
　　西黄寺，位于北京市安定门外黄寺大街。坐北朝南，由二进院落组成，占地近一万二千平方米。过去是西藏达赖、班禅进京驻锡的场所。现在是中国藏语系高级佛学院的所在地。
　　清初，清廷为了融洽与西藏地方势力之间的关系，顺治八年（1651）派恰噶和喜饶喇嘛去西藏邀请五世达赖喇嘛罗桑嘉措（1617－1682）进京与顺治皇帝会晤，遂命建造西黄寺供达赖喇嘛驻锡。顺治九年（1652）西黄寺建成。是年，五世达赖喇嘛率领西藏僧俗官员侍从三千多人，历时九个月到达北京，驻锡在西黄寺。
　　乾隆四十四年（1779）六月，六世班禅巴丹益西（1738－1780）率领三大寺堪布及僧职人员百余人，由驻藏大臣、僧俗官员两千余人护送，从后藏扎什伦布寺起程，前来北京觐见乾隆皇帝，并为乾隆七十大寿祝贺。这是清代前期民族关系史中一次重要的历史事件。次年七月，乾隆帝在避暑山庄举行了盛大欢迎仪式。班禅参加了万寿节的朝贺，亲自诵《无量寿经》，施无量寿佛大灌顶仪式，然后在皇太子等人的陪同下于九月到达北京，驻锡在西黄寺。
　　从五世达赖、六世班禅开始，历世达赖与班禅，每隔一年都派官员和喇嘛来北京朝贡，他们照例都在西黄寺居住。从蒙古各部来京朝贺的佛教徒也都在西黄寺居住礼佛。